Uso de CPU não identificado no Task Manager
Essa dúvida é antiga!
Ao usarmos o Gerenciador de Tarefas (Task Manager) do Windows o processo System fica travado ente 20-30% de uso da CPU.
O processo System nunca deveria ter uso constante, ele é acionado todas as vezes que uma tarefa do Kernel é executada e voltar a taxas entre 0-1%.
Sintoma no Task Manager
Veja que o processo fica alto, apesar de não ter motivos já que memória esta em menos de 100Kb, disco e rede zerados.

O que normalmente provoca esse comportamento?
Se memoria e disco estivessem altos poderia ser uma atualização ou processo que travou e o sistema operacional está tentando recuperar, mas não bate com a situação acima.
Isso indica que o processo é derivado não de um programa, mas de um dispositivo que não usa recursos do sistema como uma placa de vídeo, controladora ou outro.
Como encontrar a fonte do problema?
Como o Task Manager é uma ferramenta de usuário ele omite importantes detalhes interno. Sendo assim, baixe e utilize o Process Explorer ferramenta da SysInternals (pertence a Microsoft) em https://docs.microsoft.com/en-us/sysinternals/downloads/process-explorer
Após abrir o PROCEXP poderá ver o mesmo processo System agora em detalhes e visualizar o que ele está executando:

Clique com o botão direito e veja os detalhes do processo onde poderá na aba Threads ver o que o processo System está controlando e pelo uso da CPU identificar quem é o responsável pelo alto uso de CPU:

Ao clicar no processo “criminoso” vemos os detalhes e entendemos o que está causando o alto uso de CPU:

Agora bastaria procurar na internet o que é esse processo e descobriria que ele é bem básico e se trata do driver de gerenciamento de energia do equipamento (Power Interface).
Sendo assim, recorri ao site do fabricante e baixei os drivers atualizados e o resultado após o boot é o processo System no seu devido lugar na lista de tarefas:

Conclusão
Esse processo não quer dizer que o erro é sempre o mesmo, esse é um exemplo de como encontrar um processo ou programa que trave sua maquina.
Muitos usuários não tem muito conhecimento para resolver sozinhos, mas é possivel encontrar muitas referencias na internet depois que identificar o processo que causa o problema.
A dica vale principalmente para processos com dependências como é o caso do System que no Task Manager ficam ocultas.
Video de Windows System Resource Manager e SysInternals Process Explorer
Uma das minhas palestras no TechEd 2011 foi com o tema “Gerenciamento Recursos do Windows 2008 com o Windows System Resource Manager”, palestra de código SRV 303. Os ppts estão disponiveis em http://bit.ly/nTwJcZ
Após a palestra recebi diversos emails com feedback positivo e me pedindo material adicional.
Os links disponiveis no ppt são para a biblioteca do TechNet, mas obviamente contem apenas a parte téorica e não contempla exemplos práticos.
Pensando nisso, assim que eu tiver um tempo irei montar uma série de videos, mas por enquanto é possivel assistir ao video que gravei no passado em http://www.marcelosincic.com.br/blog/post/Community-Launch-Webcast-Gerenciando-recursos-do-Windows-2008-R2-com-o-WSRM-e-o-Process-Explorer.aspx
Após entrar no site de eventos, clique em “Inscrever-se” e terá a opção de fazer o download em WMV ou assistir online pelo Live Meeting.
Lembrando que o Windows System Resource Manager está disponivel no Windows 2008 em todas as versões e no Windows 2003, versões Enterprise e Datacenter.